mRNA 疫苗:COVID 疫苗的设计细节与下一批管线

LNP 从零开始 · 第 8 篇

mRNA 疫苗:COVID 疫苗的设计细节与下一批管线

2019 年 12 月,第一例 COVID-19 病例被报告。2020 年 12 月,两支 mRNA 疫苗获得紧急使用授权。传统疫苗开发需要 10–15 年,mRNA 疫苗用不到 1 年就完成了从序列设计到大规模接种的全过程。这个速度建立在几十年核酸化学和 LNP 递送技术的积累之上,其中关键一步是 m1Ψ 核苷修饰。

从序列公布到紧急使用授权:2020 年的时间线

传统疫苗的开发路径通常是这样的:找到病原体 → 培养或灭活 → 大量动物实验 → 三期临床试验 → 建工厂 → 申请审批。整个流程走下来,10 年算快的。天花疫苗花了近两百年才在全球普及,脊髓灰质炎疫苗从发现到批量生产用了 20 年,流感疫苗每年还要靠鸡胚培养来赶在流行季前更新毒株。

mRNA 疫苗打破了这个节奏。2020 年 1 月 11 日,SARS-CoV-2 的基因组序列被公开发表。两天后,Moderna 就完成了 mRNA-1273 的序列设计。3 月 16 日,第一位志愿者接种了 mRNA-1273 的 I 期临床试验首剂。11 月,Pfizer-BioNTech(BNT162b2)和 Moderna(mRNA-1273)先后报告了超过 94% 的有效率。12 月,两支疫苗先后获得美国 FDA 的紧急使用授权(EUA),全球大规模接种随即展开。

这个速度背后有三十多年的基础研究积累:早在 1990 年代,科学家就证明了体外转录(IVT)的 mRNA 在小鼠体内能翻译出蛋白质。但 mRNA 天生不稳定、容易被核酸酶降解、会触发强烈的先天免疫反应,这些问题让它在临床上一直走不通。突破性的转折来自 Katalin Karikó 和 Drew Weissman 2005 年的工作。他们发现,用假尿嘧啶核苷(Ψ)替换 mRNA 中的尿嘧啶,可以大幅降低先天免疫激活。后来的衍生物 N1-甲基假尿嘧啶核苷(m1Ψ)进一步提高了蛋白表达效率。2023 年,两人因这项工作获得诺贝尔生理学或医学奖。

与此同时,2010 年代 LNP 递送技术的成熟解决了另一半难题:怎么把 mRNA 安全高效地送进人体细胞。当 2020 年的疫情到来时,mRNA 平台已经在技术上"准备好了",缺的只是一个临床验证的机会。COVID-19 给了这个机会,而 mRNA 疫苗用最终的临床数据验证了这条技术路线。

时期 / 进展 / 对 mRNA 疫苗的影响

20 世纪末:进展 IVT mRNA 在小鼠中表达蛋白;对 mRNA 疫苗的影响 概念验证,但临床不可行

2005:进展 Karikó & Weissman 发现核苷修饰;对 mRNA 疫苗的影响 奠定免疫安全性和高表达的基础

2010 年代:进展 LNP 技术成熟,微流控制备标准化;对 mRNA 疫苗的影响 安全高效的递送载体就位

2019–2020:进展 COVID-19 大流行;对 mRNA 疫苗的影响 一年内完成两支疫苗的开发和授权

2021 至今:进展 管线扩展到传染病、癌症、遗传病;对 mRNA 疫苗的影响 从疫苗平台走向通用治疗平台

2023:进展 Karikó & Weissman 获诺贝尔奖;对 mRNA 疫苗的影响 核苷修饰的学术价值被最高认可

mRNA 疫苗怎么训练免疫系统

传统疫苗的逻辑是把一个降低了致病性的抗原样本送进身体(灭活病毒、减毒活病毒或蛋白亚单位),让免疫系统认识它。下次真正感染时,免疫系统就能快速反应。mRNA 疫苗换了一条路:它递送的是编码抗原的 mRNA,相当于一份"说明书",由接种者自身的细胞照着生产这个抗原。

以 COVID-19 疫苗为例。mRNA 被包裹在 LNP 里,通过肌肉注射进入三角肌。LNP 被注射部位的抗原呈递细胞(antigen presenting cells, APCs,主要是树突状细胞和巨噬细胞)通过内吞作用摄取。LNP 在内体酸性环境下释放 mRNA 进入细胞质,核糖体把 mRNA 翻译成抗原蛋白(刺突蛋白)。

接下来发生的免疫反应走两条路径,最终汇合成一个完整的防御体系:

### 路径一:MHC I → 杀伤性 T 细胞

抗原蛋白在细胞内被蛋白酶体切割成短肽片段,装载到 MHC I 类分子上并呈递到细胞表面。CD8⁺ 细胞毒性 T 细胞识别这些"危险信号"后被激活,获得直接杀死被感染细胞的能力。这是病毒进入细胞后的最后一道防线。

### 路径二:MHC II → 辅助性 T 细胞 + B 细胞

分泌到胞外或被其他 APC 内吞的抗原蛋白,通过 MHC II 类分子呈递给 CD4⁺ 辅助性 T 细胞。CD4⁺ T 细胞通过细胞因子信号促进 B 细胞分化,驱动抗体产生和亲和力成熟。淋巴结中的生发中心形成高亲和力抗体和记忆 B 细胞。

COVID-19 mRNA 疫苗在人体中诱导Th1 为主的 CD4⁺ T 细胞应答:走的是"杀灭病原体"的路线,避开了可能引发过度炎症的 Th2 路线。这对疫苗安全性很重要。同时产生了高滴度的针对刺突蛋白受体结合域(RBD)的中和抗体。初次免疫后约 14 天可检测到抗体,第二剂后抗体水平大幅升高。这套双路径免疫(体液免疫产生中和抗体 + 细胞免疫产生杀伤性 T 细胞)是 mRNA 疫苗高有效率的核心原因。

mRNA 的表达是瞬时的。肌肉注射后,注射部位的表达最长约 10 天,到达肝脏的部分只表达 1–4 天。抗原蛋白在这段时间里生产出来、激活免疫系统,然后 mRNA 自行降解消失。不会有持续的抗原暴露,也没有基因组整合的风险。这是 mRNA 疫苗相对于 DNA 疫苗和病毒载体疫苗的一个天然安全优势。

两支 COVID 疫苗的设计细节

BNT162b2(Pfizer-BioNTech)和 mRNA-1273(Moderna)都编码 SARS-CoV-2 的刺突蛋白。

抗原设计:锁住刺突蛋白的构象

刺突蛋白在自然状态下会从"融合前构象"(prefusion)翻转为"融合后构象"(postfusion),而人体需要识别的是融合前构象,这才是病毒还没进入细胞时的样子。两支疫苗都引入了K986P 和 V987P 两个脯氨酸突变(合称 S-2P),用脯氨酸的刚性侧链把刺突蛋白锁定在融合前构象。这样免疫系统识别到的是最具保护性的抗原形态。弗林蛋白酶切割位点也做了改造,防止刺突蛋白在表达过程中被提前切割。

mRNA 优化:从密码子到 5' 帽

两支疫苗都对 mRNA 序列做了系统性工程优化。密码子优化(codon optimization)把编码序列调整为人体细胞偏好的密码子频率,提高翻译速率。干扰正常翻译的信号(比如隐含剪接位点)被逐一清除。5' UTR 修改以促进核糖体结合和翻译起始,poly(A) 尾增强 mRNA 稳定性、延长细胞质中的半衰期。最关键的是核苷修饰,两支疫苗都用了 N1-甲基假尿嘧啶核苷(m1Ψ),下一节单独讲。

LNP 配方:四组分各司其职

两支疫苗的 LNP 都由四种脂质组成。可电离脂质在低 pH 下带正电,结合 mRNA 并在内体中促进逃逸。辅助磷脂维持膜流动性与结构完整性,胆固醇增强稳定性。PEG 化脂质延长循环、减少非特异性吸附。LNP 通过微流控混合制备:脂质溶于乙醇相,mRNA 溶于酸性水相,两相快速接触。可电离脂质质子化带正电,与 mRNA 静电结合,自组装形成纳米颗粒。

生产和储存

mRNA 通过体外转录(IVT)生产:用噬菌体来源的 RNA 聚合酶在线性化 DNA 模板上转录合成。产物经层析纯化和过滤去除双链 RNA 等杂质,用毛细管电泳和质谱做质量控制。LNP 制剂经透析或切向流过滤(TFF)去除乙醇、调整到目标缓冲液。储存环节同样不简单:配方团队需要筛选冷冻保护剂,防止纳米颗粒在冷冻和解冻过程中聚集。团队还要在多种温湿度条件下测试降解速率,最终建立冷链储运标准。BNT162b2 最初需要 -70°C 储存,主要是为了压低 mRNA 的水解速率,所以 mRNA-LNP 的稳定性直接决定了疫苗能送到多远的地方。

核苷修饰:让 mRNA 疫苗成为可能的关键技术

核苷修饰要解决的问题出在先天免疫系统。

人体细胞内有一套检测机制:Toll 样受体(TLR3、TLR7、TLR8)和 RIG-I 等模式识别受体,它们的功能就是检测外来的 RNA。未经修饰的 IVT mRNA 一旦进入细胞,会被这些受体识别为入侵信号,触发强烈的炎症反应。干扰素和促炎细胞因子大量释放,mRNA 被迅速降解,蛋白翻译被全面抑制。结果是 mRNA 还没来得及表达多少蛋白质,就已经被免疫系统清除了。

Karikó 和 Weissman 的解决办法是用修饰核苷替换 mRNA 中的所有尿嘧啶(U)。最早用的是假尿嘧啶核苷(Ψ),两支疫苗用的是它的衍生物 m1Ψ。这个修饰让 TLR 等受体对 mRNA 的识别大幅减弱,先天免疫激活随之降低。同时,m1Ψ 修饰后的 mRNA 更稳定,不容易被 RNase 降解,蛋白表达效率大幅提升:文献报告显示,与未修饰的 mRNA 相比,蛋白表达量最高可提升 44 倍。

除了 m1Ψ,还有其他核苷修饰方案(比如 5-甲基胞嘧啶核苷 m5C)也能保护 mRNA 不被降解。m1Ψ 在降低免疫激活和提升翻译效率之间取得了较好的平衡,所以 BNT162b2 和 mRNA-1273 都选择了它。两支疫苗报告的有效率都超过 94%,核苷修饰是技术基石之一。

核苷修饰解决的是 mRNA 药物最核心的矛盾。药物要把一段外源 RNA 送进人体细胞并表达蛋白质,而免疫系统天生就要识别和消灭外源 RNA。m1Ψ 修饰并不完全消除这种识别,它把免疫刺激压到合适的水平:低到不会引发有害的炎症反应,又留有足够的抗原表达来训练适应性免疫。找到这个平衡点,是整个 mRNA 药物领域从实验室走向临床的前提条件。

三种 mRNA 疫苗架构

按结构设计,合成 mRNA 可以分为三类,各有优势和限制。

### 非复制型 mRNA(nrRNA)

这是目前最主流的架构,BNT162b2 和 mRNA-1273 都属于这一类。结构简洁:5' 帽 + 5' UTR + ORF(编码抗原)+ 3' UTR + poly(A) 尾。它们通过修饰核苷降低免疫激活,靠一次性翻译表达抗原蛋白,诱导免疫反应。表达是瞬时的,安全性好。缺点是剂量需求相对较高,因为 mRNA 不会自我复制。

### 自扩增 mRNA(saRNA)

saRNA 在编码抗原的 ORF 之外,还包含一套来自甲病毒(alphavirus)的非结构蛋白基因(nsP1-4)。这些蛋白组成 RNA 依赖性 RNA 聚合酶(RdRp)复合物,让 mRNA 在细胞内自我复制。好处是用更低的剂量就能产生大量抗原蛋白,后面会提到的疟疾 mRNA 疫苗就选择了这个架构。2023 年 11 月,日本批准了 ARCT-154,这是全球首个获批的 saRNA COVID-19 疫苗,用量低于 BNT162b2 和 mRNA-1273。代价是分子更大(约 9–12 kb,而 BNT162b2 这类 nrRNA 在 4 kb 左右),制备和递送更有挑战性。

### 环形 RNA(circRNA)

circRNA 是共价闭合的环状分子,没有 5' 和 3' 末端,因此对外切核酸酶高度抵抗。与线性 mRNA 相比,稳定性至少提升 2.5 倍。circRNA 不能被核糖体直接从 5' 帽开始扫描翻译,而是依赖内部核糖体进入位点(IRES)启动翻译。它在基因治疗、肿瘤学和疫苗开发中都有潜力,但离临床应用还有距离。

三种架构各有适用场景。nrRNA 在疫苗领域已经充分验证,是当前的主力。saRNA 特别适合需要低剂量、长时间抗原表达的场景(比如疟疾等热带传染病)。circRNA 的稳定性优势让它在需要减少冷链依赖的场景中有吸引力。未来的 mRNA 疫苗管线不会只用一种架构,会根据疾病特点选择最合适的那一种。

COVID 之后:mRNA 疫苗的下一批目标

在 COVID-19 之前,科学家已经在为流感、寨卡、HIV 等病原体开发 mRNA 疫苗候选物;疫情中的临床成功大幅加速了这些管线的推进。

流感:告别鸡胚培养

流感每年导致全球约 30–60 万人死亡。目前的流感疫苗大部分依赖鸡胚培养来生产,速度慢。病毒在鸡胚中传代时还可能发生适应性突变,降低疫苗与流行毒株的匹配度。mRNA 疫苗直接绕开了这个问题:只要拿到 HA 蛋白的序列就可以设计 mRNA,不依赖活病毒培养。

Moderna 早在 2016 年就用核苷修饰的 mRNA-LNP 开展了针对 H10N8 和 H7N9 亚型 HA 蛋白的临床试验。100 µg 剂量的 H10N8 mRNA 疫苗诱导了 78.3% 的 HAI 血清转化率和 87.0% 的微量中和试验血清转化率;50 µg 剂量的 H7N9 更是达到了 96.3% HAI 和 100% 微量中和血清转化率,安全性良好。另一个方向是开发"通用流感疫苗",靶向保守的 HA 茎部区域(而不是每年都在变的 HA 头部),争取覆盖多个亚型。临床前研究已经证明,表达 HA 茎部或多种保守蛋白的 LNP 包封 mRNA 疫苗能够诱导广谱的体液免疫应答。

寨卡:一个剂量就能保护

寨卡病毒 1947 年被发现,通常引起轻症或无症状感染,但 2015–2016 年的爆发暴露了它与胎儿神经缺陷的关联,引发全球关注。寨卡只有一个血清型,因此靶向保守的 prM-E 蛋白(前膜和包膜蛋白)可能提供广泛保护。在小鼠和恒河猴中,单剂核苷修饰的 mRNA-LNP 疫苗(表达 prM-E)就诱导了比灭活病毒疫苗或 DNA 疫苗高 50–100 倍的中和抗体滴度。

不过有一个棘手的问题:寨卡和登革病毒的包膜蛋白高度同源(54%–59% 序列相同)。设计不当的寨卡疫苗可能产生交叉反应性抗体,通过抗体依赖增强效应(ADE)加重登革感染。Moderna 和华盛顿大学为此设计了一种改造版 prM-E 疫苗(mRNA-1893),带有融合环突变以降低登革交叉反应。I 期临床试验中,10 µg 和 30 µg 剂量的血清转化率达到 94%–100%,耐受性良好。

HIV:最难攻克的目标

全球约 3800 万人感染 HIV,到 2030 年可能达到 4200 万。HIV 之所以成为疫苗领域最大的挑战,是因为它的抗原变异极快,包膜蛋白(Env)又被厚厚的糖基化屏障保护,大部分中和表位都被遮挡住了。几十年的研究中,多种递送系统(阳离子纳米乳、DOTAP/DOPE 脂质体、聚合物、可电离脂质 LNP)都被用于临床前 mRNA 疫苗研究,结果喜忧参半。

一个有前景的方向是用 mRNA 编码广谱中和抗体(bnAbs),比如 VRC01。VRC01 在体外能中和 98% 的 HIV 毒株,但中和所需的抗体浓度因毒株而异。所以在 AMP 试验中,它总体没有显著降低感染;只对 VRC01 敏感的毒株,预防有效率为 75.4%。一次静脉注射核苷修饰的 mRNA-LNP 就能在小鼠体内产生 VRC01 抗体水平相当于高剂量蛋白递送的效果。这个策略绕开了传统疫苗思路中"让免疫系统自己产生广谱抗体"的难题,改为直接让体内细胞翻译这些抗体。

埃博拉、狂犬病和疟疾

编码埃博拉糖蛋白的 LNP 包封 mRNA 疫苗已在小鼠和豚鼠中展示出保护性免疫。狂犬病方面,CureVac 的 CV7201 和 CV7202 使用未修饰的 mRNA(搭配或不搭配 LNP),在动物和人体中均诱导了强免疫应答,且 LNP 递送进一步提升了效果。疟疾则使用了自扩增 mRNA 策略:编码疟原虫分泌的 PMIF 蛋白和 PfGARP 抗原,在灵长类动物中增强了 T 细胞记忆并降低了寄生虫血症。这些结果表明 mRNA 疫苗的适用范围远不止呼吸道病毒。

疾病 / 靶抗原 / 策略 / 递送方式 / 关键结果

流感:靶抗原 / 策略 全长 HA(H10N8, H7N9)/ HA 茎部;递送方式 核苷修饰 mRNA + LNP;关键结果 临床试验安全性良好,免疫原性强

寨卡:靶抗原 / 策略 prM-E(含融合环突变);递送方式 核苷修饰 mRNA + LNP;关键结果 I 期 94%–100% 血清转化率

HIV:靶抗原 / 策略 bnAb VRC01 / HIV Env 抗原;递送方式 LNP / 阳离子纳米乳 / 聚合物;关键结果 VRC01 体外中和 98% 毒株;对敏感毒株预防有效率 75.4%

埃博拉:靶抗原 / 策略 糖蛋白;递送方式 LNP 包封 mRNA;关键结果 小鼠和豚鼠保护性免疫

狂犬病:靶抗原 / 策略 CV7201 / CV7202 糖蛋白;递送方式 未修饰 mRNA ± LNP;关键结果 人体强免疫应答,LNP 提升效果

疟疾:靶抗原 / 策略 PMIF + PfGARP;递送方式 saRNA;关键结果 灵长类 T 细胞记忆增强,寄生虫血症下降

mRNA 疫苗 vs 传统疫苗

COVID-19 让 mRNA 疫苗的开发速度广为人知;和传统疫苗相比,它在安全性、免疫激活方式和平台扩展上也各有长处。

开发速度。传统疫苗依赖病原体培养、蛋白纯化或病毒灭活,每一步都需要生物学上的"等待时间"。mRNA 疫苗从序列设计到 GMP 级别的产品,理论上只需要拿到抗原的基因序列,用化学合成的方式就能生产。这让它在面对新发传染病时能快速响应。

安全性设计。传统减毒活疫苗有回复突变的风险(脊灰疫苗就出现过这个问题),灭活疫苗的免疫原性通常较弱需要佐剂配合。mRNA 疫苗不含活病毒、不整合到基因组、表达是瞬时的。mRNA 在完成翻译后自行降解,不会导致持续的抗原暴露或基因组毒性风险。

免疫激活的全面性。传统蛋白亚单位疫苗主要激活体液免疫(产生抗体),细胞免疫通常较弱。mRNA 疫苗的抗原在自体细胞内合成,因此天然通过 MHC I 和 MHC II 两条路径呈递。它同时激活 CD8⁺ 杀伤性 T 细胞和 CD4⁺ 辅助性 T 细胞,加上 B 细胞介导的抗体应答,形成体液+细胞的双重免疫。

平台可扩展性。mRNA 疫苗的生产流程高度标准化:不管编码的是流感 HA、寨卡 prM-E 还是 HIV Env,上游 IVT 和下游 LNP 包封的工艺基本相同。换一种抗原,你需要改变的主要只是 mRNA 序列本身。COVID-19 就是例子:序列 1 月 11 日公开,两天后 mRNA-1273 完成设计,3 月 16 日 I 期首剂接种。

当然,mRNA 疫苗也面临传统疫苗不需要操心的问题。冷链依赖前面已经提到:BNT162b2 最初要 -70°C,后来随稳定性数据补充,放宽到 -25 至 -15°C 存放两周和 2–8°C 短期储存。但在非洲、东南亚等缺乏超低温储运条件的地区,冷链仍然是硬障碍。冻干和热稳定配方在推进,但离常温储运还有距离。生产成本也高于传统疫苗:mRNA 的 GMP 级别生产设施和脂质原料的供应链在全球范围内并不均匀,中低收入国家在疫苗获取上处于劣势。WHO、GAVI 等国际组织正在通过技术转让和本地化生产来缩小这个差距。

另一个需要持续关注的问题是免疫持久性。mRNA 疫苗诱导的中和抗体滴度在接种后数月内会下降。是否需要定期加强针、如何优化免疫记忆、多表位疫苗设计能否覆盖不断变异的病原体,这些问题还在通过持续的临床研究来回答。

参考来源

本文内容整理自:Raj Kumar (Ed.), Lipid Nanoparticle-based mRNA Delivery Systems, Academic Press (Elsevier), 2026, Chapter 10 (Sambridhi Bhowmik et al.)。流感疫苗血清转化率数据补充自 Hou X et al., Nat Rev Mater 2021;6:1078-1094。saRNA 疫苗获批信息补充自 Xu S et al., Mol Ther Methods Clin Dev 2025;33。