扫描完成后，数据在 Leprechaun Analysis 里核对和定稿：查看数据警告，调整荧光截止值和尺寸范围，再导出 PDF 或 Excel 报告。它支持三种应用类型：Lentivirus、Exosome 和 Custom；除了标明适用范围的图表和筛选，各选项卡的操作在三种类型中相同。
打开 Leprechaun Analysis 后默认显示 Browse 选项卡，最近打开的文件都列在这里。
Browse 选项卡：最近文件列表与筛选菜单
这些文件按实验类型着色：Lentivirus 蓝色、Exosome 黄色、Custom 绿色。顶部下拉菜单可按实验类型筛选。
点击左上角按钮打开选项菜单：
选项菜单
About：软件版本信息
Leprechaun Analysis 只打开 LEP 文件（.lep），实验数据都以这种格式存储。
加载实验数据
加载方式有两种：
2.0 版本起所有外泌体数据集统一在 Leprechaun Analysis 中查看。2.0 之前的版本采集的外泌体实验，加载 .lep 文件时会自动弹出转换窗口。
转换窗口：输入抗体信息和实验参数
转换步骤：
转换进度条：较大的数据集可能需要几分钟
转换说明：.lep 文件转换后再次打开不会重复弹出转换窗口。建议在转换前备份原始文件，尤其是同一文件包含多种实验设计时，可分别复制并应用不同参数。
Leprechaun Analysis 支持同时查看多个数据集。数据集打开后，点击左上角 "Browse" 返回 Browse 选项卡（原数据集保持打开），再加载第二个数据集。两个数据集都列在左侧灰色标签菜单中，点击标签即可切换。
灰色标签菜单：点击标签切换数据集
关闭数据集：点击灰色标签菜单中实验名称旁的 X 即可关闭，不会退出软件。
Breakdown 选项卡汇总实验的所有结果，界面由三个可调面板组成：样品表格、组成/浓度图和尺寸分布图。
Breakdown 选项卡：拖动水平/垂直分隔线可调整各面板大小
样品表格显示实验中所有 Luni 的详细结果，每个 Luni 一行。
样品表格：点击选中样品可在上方图表中显示其数据
点击 Luni 编号左侧的 "+" 可展开到斑点类型级别，再次点击斑点类型的 "+" 可展开到斑点重复级别。点击 "-" 折叠回原始状态。
展开到斑点类型
展开到斑点重复
点击列标题可按该列排序（首次升序，再次降序）。通过左上角 Field Chooser 可隐藏数据列或样品行。
数据排序：箭头指示排序方向
Field Chooser：列/行选择器
Column Selector / Row Selector：取消勾选可从表格中排除
外泌体和自定义实验数据集支持使用表格上方的下拉菜单按斑点类型和自定义标记筛选。筛选后样品表格仅显示包含所选标记的列，但图表数据不受影响。
样品表格筛选：按斑点类型或自定义标记筛选
注意：仅使用试剂盒荧光抗体时，自定义标记下拉菜单不可见。下拉菜单筛选会覆盖列选择器的更改。
右键单击样品表格并选择 "Edit samples" 可重命名样品或更新稀释因子。点击 "Apply" 确认更改。
编辑样品：重命名或更新稀释因子
所有定量输出将按新稀释因子重新计算。样品名称必须唯一，重复将导致错误。
样品表格中可能出现四种数据警告，指示结果需要特别注意：
结果低于仪器检测下限时，表格中将显示 "Below detection limit" 替代数值。受影响数据不会出现在图表中。
解决方法：以更高浓度重新运行样品
饱和时表格仍给出数值，但受影响数据以橙色高亮显示，表明结果高于仪器定量上限。Luni 编号旁显示黄色警告三角。包含饱和数据的图表会标注 "警告：图表包含非线性数据"。
饱和数据：橙色高亮，黄色三角警告
解决方法：以更高稀释度重新运行样品。不同样品可能无法用同一稀释度使所有输出都在线性范围内。
表格中显示 "Review images" 替代数值输出，对应在 Client 扫描结束时被分类为黄色的 Luni。Luni 编号旁显示紫色警告三角。处理失败通常是因为软件无法对齐和减去背景扫描，最常见原因是样品过载。
未处理数据：紫色三角警告
对应的同型对照斑点全部被自动禁用时出现，最常见原因是这些斑点处理失败。此时表格中的数值以紫色高亮显示，结果应谨慎使用；受影响数据不会包含在图表中。
解决方法：先手动启用同型对照斑点，再手动启用原始斑点组。
处理失败的斑点会自动禁用。每个斑点类型的启用斑点数量列在 "Spots analyzed" 列中。斑点的状态指示符含义：
绿色勾：已启用、已处理（正常数据） 绿色叉：已禁用、已处理 黑色叉：已禁用、未处理（自动状态） 黑色勾：已启用、未处理（手动启用）
斑点状态示例：CD9 重复1已禁用未处理，重复2和3已启用已处理
注意：自动状态只会出现绿色勾（好数据）和黑色叉（未处理已禁用）。未处理斑点可手动启用，但结果应谨慎使用。禁用斑点数据不包含在导出中。如果所有同型对照斑点都自动禁用，则须先启用至少一个同型对照斑点才能启用其他斑点。
启用未处理斑点确认弹窗
启用后：叉号变为勾选标记
勾选 "不再询问" 可在当前会话中对当前数据集跳过确认弹窗。
显示当前选中慢病毒样品中不同组分的滴度。误差条为相关斑点类型已启用重复的标准偏差。Luni 级别选中时显示所有启用斑点的平均结果；选择斑点重复时仅显示该斑点数据，不提供误差条。
样品组成图：显示慢病毒样品不同组分的滴度
注意：所选斑点类型决定可显示的输出，例如选择 VSVG 斑点时 EV 污染物输出无法绘制。包含饱和或未处理数据的图表会标注警告消息。
在图表区域右键单击可使用以下功能：
右键菜单：显示/隐藏类别、复制到剪贴板、切换网格
显示当前选中样品中特定颗粒亚群的浓度。每个捕获抗体最多显示四个条形。Total 为干涉通道检测到的总颗粒；红/绿/蓝为同时在对应荧光通道检测到的颗粒。
颗粒浓度图：显示特定颗粒亚群的浓度
右键菜单：显示/隐藏类别、复制到剪贴板、隐藏图例、切换网格
有的标记同时作为捕获抗体和荧光检测抗体存在。这时，含有该标记的捕获斑点中不显示该标记对应的彩色条形。例如使用试剂盒抗体时，CD9 捕获斑点不存在蓝色条形（蓝色通道包含 CD9 荧光抗体）。
点击颗粒浓度图上的 "Switch plot type" 图标可切换到共定位分析图。该图显示在指定斑点上捕获的颗粒中共表达荧光通道标记的颗粒百分比。
共定位分析图：显示共表达标记的颗粒百分比
右键菜单：显示/隐藏共定位类别、复制到剪贴板、隐藏图例
显示当前选中样品中不同组分或颗粒亚群的尺寸分布。
尺寸分布图：Luni 级别显示平均结果，斑点重复级别显示单个斑点数据
右键菜单：含显示/隐藏类别、复制到剪贴板、隐藏图例、切换网格
Advanced 选项卡提供与颗粒荧光强度相关的额外信息。
显示所选样品或斑点类型中每个颗粒在各荧光通道的强度分布。
荧光强度图：各通道颗粒强度分布
注意：荧光强度图显示原始数据，与颗粒滴度或浓度无关，因此饱和或未处理数据不会显示警告。
右键菜单：显示/隐藏类别、复制到剪贴板、隐藏图例
点击右上角 "Show stats" 按钮可查看荧光强度分布的统计数据。图表右侧会展开绿色强度窗口，同时打开统计摘要窗口。统计摘要窗口显示每个通道的中位数和平均荧光强度（任意单位）。
荧光强度摘要窗口
绿色强度窗口 + 统计摘要
这张散点图显示所选斑点类型的颗粒分布，可按荧光强度或荧光强度与直径的关系绘制。该图表一次显示一个斑点类型的数据，仅在斑点级别可用。
荧光相关图：按荧光强度绘制的颗粒散点图
通过 X 轴下拉菜单调整显示：选择 "Size (IM)" 显示强度与直径关系；选择某荧光通道显示该通道与其他通道强度的关系。
右键菜单：显示/隐藏类别、复制到剪贴板、隐藏图例、切换网格
如果在样品表格中选中的是 Luni 级别，将显示消息 "请选择斑点类型以查看数据" 而非图表。
点击 "Show stats" 按钮，图表右侧展开蓝色相关窗口，并打开荧光相关摘要窗口。荧光相关摘要窗口显示每个共定位群体的总颗粒计数，以及平均荧光强度或直径。
荧光相关摘要窗口
蓝色相关窗口 + 统计摘要
Fluorescence Images 选项卡用来查看 Luni 上每个捕获斑点的荧光图像。
荧光图像选项卡：图像选择面板、斑点图像和工具栏
面板中列出 Luni 上每个捕获抗体。点击抗体名称右侧箭头展开，显示可用重复。点击重复查看该斑点图像。也可在此面板启用/禁用斑点（勾选标记/叉号）。
图像选择面板：展开斑点选择重复
启用后：叉号变为勾选标记
图像窗口最多显示三色荧光图像，右上角通道图例列出该实验实际使用的通道。
斑点荧光图像：通道图例列出该实验实际使用的通道（此例为 RNA 蓝、p24 红）
右键菜单：通道图例、比例尺、斑点圆圈、复制到剪贴板
图像工具栏
调整滑块可改变图像的亮度和对比度。
亮度/对比度调整：手动设置（上）与默认设置（下）对比
IM Images 选项卡显示 Luni 上每个捕获斑点的干涉测量图像，用于颗粒尺寸分析。图像选择面板的用法与荧光图像选项卡一致。
IM Images 选项卡：干涉测量图像
单通道 IM 图像：比例尺在左下角
右键菜单与荧光图像类似，有 Show Scale bar、Show Circle 和 Copy to Clipboard。此外还有 Save to file。图像工具与荧光图像选项卡相同。IM 图像额外提供 Auto contrast 复选框。
荧光截止值用于排除同型对照斑点上的背景荧光（非特异性结合）。Leprechaun Analysis v2.0 起采用算法自动确定截止值。
点击 "FL cutoffs" 按钮打开 "Adjust fluorescence cutoffs" 窗口查看自动截止值。截止值单位为任意单位（a.u.），反映各通道同型对照斑点的荧光强度，可按 Luni 和通道单独调整。
FL cutoffs 按钮（左）和 Adjust fluorescence cutoffs 窗口（右）
范围限制：最小值不低于 100，最大值不超过 65536。调整后建议检查 Advanced 选项卡中荧光强度图的截止线位置。检查时确认截止线排除了同型对照斑点的大部分信号。
荧光强度图对比：自动截止值（左）vs 调整后（右），蓝色通道从 446 a.u. 调整到 520 a.u.
通过 "Size range" 按钮打开 "Adjust size ranges" 窗口，调整每个捕获斑点上分析的颗粒尺寸范围。
Size range 按钮（左）和 Adjust size ranges 窗口（右）
调整方法：点击要更改的值，输入新的最小/最大值，点击 "Apply" 应用。
注意：Leprechaun 可测量直径 35-200 nm 的颗粒，最小/最大值必须在此范围内。尺寸范围变化将统一应用于实验中所有 Luni（荧光截止值则基于单个 Luni 和通道）。修改后样品表格和图表中的所有输出将重新计算。
分析过程中随时点击 "Save" 按钮保存更改。
Save 按钮（左）和确认弹窗（右）
样品名称斑点名称和默认尺寸范围稀释因子荧光截止值尺寸范围值启用/禁用的斑点
样品表格过滤器、隐藏的列/行和图像对比度调整不会保存。"Save" 按钮在有可保存更改之前保持灰色。多个实验同时打开时，Save 仅应用于当前查看的实验。
导出步骤：
Export 按钮 + 范围选择
PDF 导出选项
Excel 导出选项
选择保存位置
导出进度状态栏
导出完成
PDF 报告包含选定数据输出的摘要和实验设计/分析设置概述。报告中的特殊标记：* 表示超出线性范围的输出，# 表示包含未处理数据的输出。
PDF 报告摘要
实验设计和分析设置概述
PDF 标记：* 超出线性范围，# 包含未处理数据
Excel 导出按数据类型生成三个独立文件：
数据以重复斑点的平均值导出，包含标准差。勾选 "Include spot replicates" 时，还会另生成一份原始数据表：结构与汇总表相同，但列出每个斑点重复的数据。
汇总数据：平均值和标准差
对应荧光强度图表，包含捕获点上每个颗粒在各通道的强度值。
强度数据：各通道强度值
对应荧光相关图，包含捕获点上每个颗粒的通道强度值和尺寸（IM）。
相关数据：强度值和颗粒尺寸
点击软件右上角的 X 关闭 Leprechaun Analysis。如果有未保存的更改，将出现 "Save and exit" 弹窗：
Save and exit 弹窗：三个选项